Xử lý 1 mã số thuế có 2 cơ quan thuế quản lý như thế nào?

Theo quy định của pháp luật hiện hành, mỗi cá nhân chỉ được cấp một mã số thuế (MST) duy nhất để sử dụng suốt đời. Tuy nhiên, trong thực tế, không ít trường hợp người nộp thuế khi tra cứu lại phát hiện 1 mã số thuế có 2 cơ quan thuế quản lý. Tình trạng này phát sinh từ đâu, có gây ảnh hưởng gì đến quyền lợi thuế hay không và làm thế nào để khắc phục? Bài viết dưới đây sẽ giải đáp chi tiết cho bạn.

Tại sao 1 mã số thuế có 2 cơ quan thuế quản lý?

Tình trạng 1 mã số thuế có 2 cơ quan thuế quản lý thường không phải do lỗi của người nộp thuế cố ý vi phạm, mà chủ yếu xuất phát từ sự thiếu đồng bộ thông tin hoặc thay đổi về hành chính. 

Cụ thể có các nguyên nhân chính sau:

• Thay đổi nơi cư trú: Khi bạn chuyển hộ khẩu hoặc nơi tạm trú sang một tỉnh/thành phố khác nhưng không thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế. Khi phát sinh thu nhập tại nơi mới, cơ quan thuế tại đó có thể tiếp nhận quản lý dựa trên thông tin cư trú mới, trong khi cơ quan thuế cũ vẫn chưa đóng hồ sơ.
• Thay đổi giấy tờ tùy thân (Từ CMND sang CCCD): Đây là nguyên nhân phổ biến nhất. Khi cá nhân chuyển từ CMND 9 số sang CCCD 12 số mà không cập nhật với cơ quan thuế, cơ quan chi trả thu nhập mới có thể đăng ký thông tin dựa trên CCCD mới, dẫn đến hệ thống ghi nhận thêm một cơ quan quản lý khác cho cùng một đối tượng.
• Lỗi hệ thống hoặc sai sót nhập liệu: Trong quá trình chuyển đổi dữ liệu hoặc nhập liệu thủ công tại các Chi cục Thuế, sự thiếu đồng bộ cũng có thể khiến 1 MST có 2 cơ quan thuế quản lý.
• Doanh nghiệp đăng ký nhầm: Một số trường hợp do cá nhân làm việc tại nhiều nơi, các đơn vị chi trả thu nhập cùng đăng ký thông tin người phụ thuộc hoặc đăng ký thuế tại các cơ quan thuế địa phương khác nhau.

1 mã số thuế có 2 cơ quan thuế quản lý có sao không?

Trả lời cho thắc mắc 1 mã số thuế có 2 cơ quan thuế quản lý có sao không, theo quy định pháp luật hiện hành, việc tồn tại nhiều hơn một cơ quan quản lý cho một mã số thuế là không đúng với nguyên tắc định danh cá nhân. Điều này có thể gây ra những vướng mắc nhất định cho bạn khi thực hiện các thủ tục hành chính, đặc biệt là khi xin cấp chứng từ khấu trừ thuế hay làm hồ sơ quyết toán thuế Thu nhập cá nhân (TNCN) cuối năm. 

Tuy nhiên, bạn không cần quá lo lắng vì Tổng cục Thuế đã có phương án giải quyết vấn đề này. Cụ thể, theo quy định (Thông tư 86/2024/TT-BTC), từ ngày 01/07/2025 trở đi, số Căn cước công dân 12 số sẽ chính thức trở thành mã số thuế duy nhất của cá nhân. Hệ thống quản lý thuế sẽ tự động hợp nhất tất cả các MST có cùng mã định danh cá nhân (CCCD) về một mối duy nhất. Các hóa đơn, chứng từ đã sử dụng trước đó vẫn hoàn toàn giữ nguyên giá trị pháp lý. Nhưng ở thời điểm hiện tại, việc chủ động điều chỉnh vẫn là ưu tiên hàng đầu.

Hướng dẫn xử lý khi cá nhân có 1 MST nhưng có 2 cơ quan thuế quản lý

Để giải quyết tình trạng này, mục tiêu chính là thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế để hệ thống ghi nhận và chỉ còn một cơ quan thuế quản lý duy nhất. Bạn có thể lựa chọn một trong 3 phương thức xử lý sau đây: 

1. Nộp hồ sơ trực tuyến

Bạn không cần đến trực tiếp cơ quan thuế mà có thể cập nhật thông qua các nền tảng số:

• Qua ứng dụng eTax Mobile: Đăng nhập vào ứng dụng eTax Mobile của Tổng cục Thuế trên điện thoại và thực hiện tính năng thay đổi thông tin đăng ký thuế.
• Qua Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế: Truy cập hệ thống Thuế điện tử (thuedientu.gdt.gov.vn), chọn mục “Đăng ký thuế”, sau đó kê khai và nộp hồ sơ điều chỉnh.
• Qua Cổng dịch vụ công quốc gia: Đăng nhập và thực hiện thủ tục thay đổi thông tin đăng ký thuế theo hướng dẫn trên cổng.

2. Nộp hồ sơ thông qua cơ quan chi trả thu nhập (Công ty)

Nếu bạn đang làm việc tại doanh nghiệp, bạn có thể ủy quyền cho kế toán của công ty (cơ quan chi trả thu nhập). Công ty sẽ đại diện bạn nộp hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế một cách dễ dàng.

3. Nộp hồ sơ trực tiếp tại cơ quan thuế

• Chuẩn bị hồ sơ: Tờ khai điều chỉnh, bổ sung thông tin đăng ký thuế (Mẫu 08-MST) và Bản sao thẻ Căn cước công dân (hoặc giấy tờ tùy thân mới nhất) còn hiệu lực.
• Nơi nộp: Nộp trực tiếp tại bộ phận một cửa của cơ quan thuế nơi bạn đang đăng ký hộ khẩu thường trú hoặc tạm trú. Sau khi tiếp nhận, cơ quan thuế sẽ xử lý thu hồi thông tin cấp không đúng và chốt lại một cơ quan quản lý duy nhất cho bạn.

Việc 1 mã số thuế có 2 cơ quan thuế quản lý tuy gây ra không ít phiền toái nhưng hoàn toàn có thể chủ động xử lý nếu bạn nắm rõ quy trình. Hy vọng bài viết đã giúp bạn hiểu rõ nguyên nhân và tìm được giải pháp khắc phục nhanh chóng để đảm bảo quyền lợi thuế của mình. Nếu còn bất kỳ thắc mắc nào, hãy để lại bình luận bên dưới để được hỗ trợ kịp thời!