[CẬP NHẬT 2025] Hướng dẫn thủ tục đăng ký thuế khi tổ chức chia, tách, hợp nhất, sáp nhập

Những thay đổi trong cơ cấu tổ chức như chia, tách, hợp nhất, sáp nhập không chỉ ảnh hưởng đến hoạt động kinh doanh mà còn tác động trực tiếp đến nghĩa vụ thuế của các tổ chức. Việc nắm rõ thủ tục đăng ký thuế trong những trường hợp này là vô cùng quan trọng để đảm bảo tuân thủ pháp luật và tránh những rủi ro pháp lý. Bài viết này sẽ cung cấp hướng dẫn chi tiết về thủ tục đăng ký thuế khi tổ chức chia, tách, hợp nhất, sáp nhập theo các quy định mới nhất năm 2025, giúp bạn thực hiện đúng và đủ các bước cần thiết.

Thủ tục đăng ký thuế trong trường hợp chia, tách, hợp nhất, sáp nhập tổ chức mới nhất 2025?

Theo Quyết định 155/QĐ-BTC năm 2025, thủ tục đăng ký thuế trong trường hợp chia, tách, hợp nhất tổ chức – Đối với tổ chức mới được chia, tổ chức được tách, tổ chức hợp nhất được thay thế bởi thủ tục đăng ký thuế trong trường hợp chia, tách, hợp nhất, sáp nhập tổ chức tại Thông tư 86/2024/TT-BTC.

Theo đó, tại Mục 27 Phụ lục ban hành kèm theo Quyết định 155/QĐ-BTC năm 2025 quy định thủ tục đăng ký thuế trong trường hợp chia, tách, hợp nhất, sáp nhập tổ chức mới nhất 2025 như sau:

Bước 1: 

Trong trường hợp chia tổ chức

– Đối với tổ chức bị chia: Trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày có Quyết định chia tổ chức hoặc văn bản tương đương, tổ chức phải nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

– Đối với tổ chức mới thành lập sau khi chia: Các tổ chức này cần hoàn tất thủ tục đăng ký thuế trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ghi trên giấy phép thành lập hoặc giấy phép tương đương, theo quy định của Luật Quản lý thuế và Thông tư 86/2024/TT-BTC. Hồ sơ được nộp tại:

+ Tổ chức kinh tế (không bao gồm tổ hợp tác) theo quy định tại điểm a, b khoản 2 Điều 4 Thông tư 86/2024/TT-BTC phải nộp hồ sơ đăng ký thuế tại Cục Thuế nơi đặt trụ sở.

+ Tổ hợp tác và các tổ chức khác theo điểm b, c, n khoản 2 Điều 4 Thông tư 86/2024/TT-BTC thực hiện đăng ký thuế tại: Cục Thuế nơi đặt trụ sở: áp dụng đối với tổ chức do cơ quan trung ương hoặc cấp tỉnh quyết định thành lập và tại Chi cục Thuế nơi đặt trụ sở: áp dụng đối với tổ chức do cơ quan cấp huyện thành lập và đối với tổ hợp tác.

Trường hợp tách tổ chức:

– Tổ chức bị tách: Nếu có thay đổi thông tin đăng ký thuế sau khi tách, tổ chức phải cập nhật thông tin với cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày được cấp Giấy phép thành lập và hoạt động, Quyết định thành lập hoặc văn bản tương đương khác do cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành.

– Tổ chức được tách: Phải thực hiện thủ tục đăng ký thuế với cơ quan thuế trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ghi trên giấy phép thành lập hoặc giấy phép tương đương theo quy định của Luật Quản lý thuế và Thông tư 86/2024/TT-BTC. Hồ sơ đăng ký thuế được nộp theo quy định như sau:

+ Đối với tổ chức kinh tế (không bao gồm tổ hợp tác) theo điểm a, b khoản 2 Điều 4 Thông tư 86/2024/TT-BTC: Nộp hồ sơ đăng ký thuế tại Cục Thuế nơi đặt trụ sở.+ Đối với tổ hợp tác và các tổ chức khác theo điểm b, c, n khoản 2 Điều 4 Thông tư 86/2024/TT-BTC: Nếu tổ chức do cơ quan trung ương hoặc cấp tỉnh quyết định thành lập: Nộp hồ sơ tại Cục Thuế nơi đặt trụ sở; Nếu tổ chức do cơ quan cấp huyện thành lập hoặc là tổ hợp tác: Nộp hồ sơ tại Chi cục Thuế nơi tổ chức đặt trụ sở.

Trường hợp sáp nhập tổ chức:

– Tổ chức bị sáp nhập: Trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày ký hợp đồng sáp nhập hoặc văn bản tương đương, tổ chức phải nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

– Tổ chức nhận sáp nhập: Nếu có thay đổi thông tin đăng ký thuế sau khi sáp nhập, tổ chức phải thực hiện thủ tục cập nhật thông tin với cơ quan thuế quản lý trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày được cấp Giấy phép thành lập, Quyết định thành lập hoặc văn bản tương đương khác.

Trường hợp hợp nhất tổ chức:

– Các tổ chức bị hợp nhất: Trong vòng 10 ngày làm việc kể từ ngày có Hợp đồng hợp nhất hoặc văn bản tương đương, các tổ chức này phải nộp hồ sơ đề nghị chấm dứt hiệu lực mã số thuế tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

– Tổ chức hợp nhất: Phải hoàn tất thủ tục đăng ký thuế với cơ quan thuế trong vòng 10 ngày làm việc tính từ ngày ghi trên Giấy phép thành lập và hoạt động hoặc Giấy phép tương đương, theo quy định của Luật Quản lý thuế và Thông tư 86/2024/TT-BTC. Hồ sơ đăng ký thuế được nộp theo quy định sau:

+ Tổ chức kinh tế (không bao gồm tổ hợp tác) theo điểm a, b khoản 2 Điều 4 Thông tư 86/2024/TT-BTC nộp hồ sơ tại Cục Thuế nơi đặt trụ sở.

+ Tổ hợp tác và các tổ chức khác theo điểm b, c, n khoản 2 Điều 4 Thông tư 86/2024/TT-BTC nộp hồ sơ tại Cục Thuế nơi tổ chức đặt trụ sở nếu được thành lập theo quyết định của cơ quan trung ương hoặc cấp tỉnh; tại Chi cục Thuế nơi tổ chức đặt trụ sở nếu thuộc thẩm quyền quyết định của cơ quan cấp huyện hoặc nơi tổ hợp tác đặt trụ sở.

– Đăng ký thuế điện tử:  Người nộp thuế truy cập vào Cổng thông tin điện tử phù hợp (Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế, Cổng dịch vụ công quốc gia, cổng cấp Bộ/cấp tỉnh hoặc hệ thống của tổ chức cung cấp dịch vụ T-VAN đã kết nối với Tổng cục Thuế) để khai báo tờ khai, đính kèm hồ sơ điện tử (nếu có), ký số và gửi đến cơ quan thuế thông qua hệ thống đã chọn.

Bước 2: Cơ quan thuế tiếp nhận

Đối với hồ sơ giấy:

– Hồ sơ nộp trực tiếp tại cơ quan thuế: Công chức thuế tiến hành kiểm tra tính hợp lệ của hồ sơ đăng ký thuế.
+ Nếu hồ sơ đầy đủ theo quy định, công chức thuế sẽ tiếp nhận, đóng dấu xác nhận, ghi rõ ngày nhận, số lượng tài liệu theo danh mục kèm theo, đồng thời lập phiếu hẹn trả kết quả và thông báo thời gian xử lý.

+ Nếu hồ sơ chưa đáp ứng yêu cầu, công chức thuế sẽ từ chối tiếp nhận và hướng dẫn người nộp thuế bổ sung, hoàn chỉnh hồ sơ.

– Hồ sơ gửi qua đường bưu điện: Công chức thuế tiếp nhận, đóng dấu xác nhận ngày nhận trên hồ sơ và ghi vào sổ văn thư của cơ quan thuế.
+ Trường hợp cần bổ sung hoặc giải trình thông tin, cơ quan thuế sẽ thông báo cho người nộp thuế theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT tại Phụ lục II ban hành kèm theo Nghị định 126/2020/NĐ-CP trong vòng 02 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận hồ sơ.

Đối với hồ sơ điện tử:

Cơ quan thuế tiếp nhận, kiểm tra và xử lý hồ sơ đăng ký thuế thông qua hệ thống dữ liệu điện tử trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

– Tiếp nhận hồ sơ: Khi nhận được hồ sơ đăng ký thuế điện tử, Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế sẽ gửi thông báo xác nhận tiếp nhận đến người nộp thuế qua hệ thống điện tử mà họ lựa chọn (Cổng thông tin của Tổng cục Thuế, cổng dịch vụ công của cơ quan nhà nước có thẩm quyền hoặc hệ thống T-VAN). Thời gian gửi thông báo không quá 15 phút kể từ khi hồ sơ được tiếp nhận.

– Kiểm tra và xử lý hồ sơ: Cơ quan thuế rà soát, xử lý hồ sơ theo quy định pháp luật và thông báo kết quả qua hệ thống điện tử mà người nộp thuế sử dụng.

+ Nếu hồ sơ đầy đủ, hợp lệ, kết quả giải quyết sẽ được gửi trong thời hạn quy định tại Thông tư 86/2024/TT-BTC.

+ Nếu hồ sơ chưa đáp ứng yêu cầu, cơ quan thuế sẽ gửi thông báo từ chối tiếp nhận kèm lý do trong vòng 02 ngày làm việc kể từ ngày ghi trên Thông báo tiếp nhận hồ sơ.

Sáp nhập tổ chức thì mã số thuế có được giữ lại?

Theo khoản 3 Điều 20 Thông tư 86/2024/TT-BTC quy định về đăng ký thuế trong trường hợp tổ chức lại như sau:

Đăng ký thuế trong trường hợp tổ chức lại

…

3. Sáp nhập tổ chức

Tổ chức nhận sáp nhập được giữ nguyên mã số thuế. Các tổ chức bị sáp nhập bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

a) Đối với tổ chức bị sáp nhập:

Tổ chức bị sáp nhập phải thực hiện thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo quy định tại Điều 39 Luật Quản lý thuế và Điều 14 Thông tư này.

Căn cứ hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế của tổ chức bị sáp nhập, cơ quan thuế thực hiện thủ tục và trình tự để chấm dứt hiệu lực mã số thuế của tổ chức bị sáp nhập theo quy định tại Điều 39 Luật Quản lý thuế và Điều 15, Điều 16 Thông tư này.

…

Do đó, trong trường hợp sáp nhập tổ chức, mã số thuế của tổ chức nhận sáp nhập vẫn được duy trì, trong khi mã số thuế của các tổ chức bị sáp nhập sẽ bị chấm dứt hiệu lực.

Việc nắm rõ và thực hiện đúng thủ tục đăng ký thuế khi tổ chức chia, tách, hợp nhất, sáp nhập là vô cùng quan trọng để đảm bảo hoạt động kinh doanh diễn ra suôn sẻ và tuân thủ pháp luật. Hy vọng rằng, với những hướng dẫn chi tiết được cung cấp trong bài viết này, bạn sẽ tự tin hơn trong việc thực hiện các thủ tục cần thiết. Hãy luôn cập nhật những thay đổi mới nhất từ cơ quan thuế để đảm bảo bạn không bỏ lỡ bất kỳ thông tin quan trọng nào và thực hiện đúng nghĩa vụ thuế của mình.