Việc xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN đúng thời điểm và chuẩn mẫu là nghĩa vụ quan trọng của tổ chức chi trả thu nhập nhằm tuân thủ quy định pháp luật. Hành động này không chỉ giúp doanh nghiệp minh bạch trong quản lý thuế mà còn là cơ sở thiết yếu để cá nhân thực hiện quyết toán thuế đúng hạn. Bài viết sau đây sẽ hướng dẫn chi tiết cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN theo quy định mới nhất.
Quy trình 7 bước lập và xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN
Để thực hiện việc xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử một cách chuyên nghiệp, đơn vị chi trả thu nhập cần tuân thủ lộ trình nghiệp vụ cụ thể trên phần mềm như sau:
Bước 1: Đăng ký sử dụng chứng từ
Trước khi thực hiện cách xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử, theo quy định tại Khoản 21 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP, tổ chức hoặc cá nhân chi trả thu nhập bắt buộc phải đăng ký sử dụng chứng từ điện tử với Cơ quan Thuế. Quy trình gồm:
- Lập tờ khai đăng ký sử dụng theo mẫu số 01/ĐKTĐ-CTĐT.
- Điền đầy đủ thông tin, ký số và gửi hồ sơ.
- Theo dõi kết quả chấp thuận và lịch sử truyền nhận với Cơ quan Thuế.
Bước 2: Thiết lập mẫu số, ký hiệu chứng từ
Việc thiết lập mẫu giúp doanh nghiệp chuẩn hóa hình thức hiển thị, đảm bảo tính chuyên nghiệp và đúng nhận diện thương hiệu.
Bước 2.1. Tạo chứng từ mẫu

Người sử dụng truy cập vào menu Hệ thống > Tạo mẫu hóa đơn > Thêm hóa đơn mẫu. Tại đây, đơn vị thực hiện các lựa chọn sau:
- Loại Thông tư: Chọn Thông tư 78.
- Loại hóa đơn: Chọn Chứng từ khấu trừ thuế.
Sau đó nhấn biểu tượng tìm kiếm để hệ thống hiển thị các mẫu chứng từ sẵn có trên kho dữ liệu.
Bước 2.2. Tùy chỉnh mẫu chứng từ
Sau khi chọn mẫu, hệ thống sẽ hiển thị giao diện tùy chỉnh. Tại đây, bạn có thể hiệu chỉnh các thông tin quan trọng bao gồm:

- Thông tin pháp lý: Mẫu số, Ký hiệu, Tên doanh nghiệp, Mã số thuế, Địa chỉ.
- Thông tin liên hệ: Số điện thoại, Email, Fax, Website.
- Thông tin thanh toán: Ngân hàng, Số tài khoản.
Sau khi hoàn tất, nhấn Lưu thông tin để hệ thống cập nhật các thay đổi.
Bước 2.3. Áp dụng mẫu chứng từ
Để đưa mẫu vào sử dụng thực tế cho việc xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN, đơn vị thực hiện:
Truy cập danh sách mẫu tại mục Hệ Thống > Tạo mẫu hóa đơn.

Chọn biểu tượng Cài đặt và tích vào ô Áp dụng.

Xác nhận Đồng ý tại thông báo hiển thị để kích hoạt mẫu trên toàn hệ thống.

Bước 3: Lập chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân
Để quá trình nghiệp vụ diễn ra nhanh chóng, dưới đây là cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN thông qua các phương thức linh hoạt tùy theo nhu cầu thực tế của doanh nghiệp:
Cách 1: Nhập khẩu chứng từ khấu trừ thuế TNCN
Đây là cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử tối ưu cho số lượng lớn nhân sự cùng lúc.
1. Tại mục Chứng từ, chọn Lập mới CTKTT.

2. Chọn loại Thông tư và mẫu chứng từ tương ứng, sau đó nhấp vào ô tải file mẫu.

3. Nhập dữ liệu vào file mẫu và tải lại lên hệ thống để tạo chứng từ.
Lưu ý quan trọng khi nhập liệu:
- Nên ưu tiên sử dụng file mẫu chuẩn của hệ thống để đảm bảo tính chính xác và đồng bộ các chỉ tiêu.
- Các trường thông tin có dấu “*” là bắt buộc; các thông tin về quốc tịch, nơi cấp giấy tờ phải nhập đúng theo danh mục quy định.
- Trường hợp cá nhân chưa có mã số thuế, bắt buộc phải nhập số CCCD/CMND hoặc hộ chiếu cùng ngày cấp, nơi cấp.
- Hệ thống sẽ tự động lấy thông tin (họ tên, quốc tịch…) nếu cá nhân đã có hồ sơ trên hệ thống, giúp việc xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử nhanh chóng và chính xác hơn.
Cách 2: Lập từng chứng từ khấu trừ thuế TNCN
Cách lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN này phù hợp cho việc phát hành lẻ tẻ hoặc phát sinh đột xuất.
1. Truy cập Chứng từ khấu trừ thuế > Lập mới CTKTT.
2. Thiết lập các thông số: Chọn Thông tư 78 và đúng mẫu chứng từ (ký hiệu CTT56 của năm hiện hành).

3. Nhập thủ công các thông tin tại mục Thông tin thuế TNCN khấu trừ, sau đó chọn Lưu và ký để hoàn thành.

Cách 3: Lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN từ bảng quyết toán thuế

Đây là giải pháp “giải cứu” HR trong các kỳ quyết toán cao điểm, giúp tạo nhanh chứng từ cho nhiều người cùng lúc từ dữ liệu sẵn có:
- Tại bảng quyết toán thuế trên phần mềm, kế toán chọn một hoặc danh sách nhiều cá nhân cần cấp chứng từ.
- Nhấn chọn lệnh Lập chứng từ khấu trừ. Hệ thống sẽ tự động trích xuất dữ liệu từ bảng lương/quyết toán sang mẫu chứng từ.
- Kế toán chỉ cần thực hiện chỉnh sửa, cập nhật hoặc phát hành trực tiếp tại giao diện chi tiết chứng từ. Phương thức này giúp việc xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN tiết kiệm tối đa thời gian và công sức so với việc nhập liệu thủ công.
Cách 4: Lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN từ phần mềm xCyberBill
Theo quy định từ Tổng Cục Thuế, kể từ ngày 01/07/2022, tổ chức chi trả thu nhập bắt buộc phải chuyển sang sử dụng chứng từ điện tử thay cho chứng từ giấy. Quy trình trên xCyber Bill được thực hiện như sau:
Khởi tạo chứng từ:
Đơn vị vào mục Lập mới CTKTT, chọn đúng mẫu chứng từ và nhấn Tạo chứng từ.

Tại đây, kế toán cần nhập chi tiết các trường thông tin bắt buộc:
- Số định danh (CCCD/Hộ chiếu) nếu thiếu mã số thuế.
- Khoản thu nhập, thời điểm chi trả và tổng thu nhập tính thuế.
- Số thuế TNCN đã khấu trừ và số thu nhập cá nhân còn được nhận.
- Email người nộp thuế: Đây là thông tin không được để trống để hệ thống tự động gửi chứng từ cho cá nhân ngay sau khi ký số.

Ký và phát hành:
Sau khi nhấn Lưu, chứng từ sẽ nằm trong danh sách chờ. Bạn chọn thao tác Xem để rà soát lỗi lần cuối, sau đó kéo xuống dưới và ấn nút Ký.
Bước 4: Phát hành chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử
Sau khi kiểm tra kỹ dữ liệu tại bước 3, kế toán thực hiện ký số. Việc lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử chỉ thực sự hoàn tất khi có chữ ký số hợp lệ của tổ chức chi trả.
(Lưu ý: Chứng từ khấu trừ thuế TNCN không có MÃ của cơ quan thuế như hóa đơn điện tử).
Bước 5: Theo dõi trạng thái chứng từ và lịch sử truyền nhận với Cơ quan thuế

Doanh nghiệp cần thường xuyên kiểm tra cột “Trạng thái” trên phần mềm để đảm bảo các chứng từ đã được gửi đi thành công. Việc theo dõi lịch sử truyền nhận giúp kịp thời xử lý các lỗi kỹ thuật nếu phát sinh trong quá trình truyền dữ liệu đến hệ thống của Tổng cục Thuế.
Bước 6: Gửi email chứng từ cho nhân viên

Để tối ưu hóa quy trình và hỗ trợ người lao động nhận chứng từ nhanh nhất, hệ thống cho phép gửi bản điện tử trực tiếp qua hòm thư cá nhân:
- Truy cập vào mục Chứng từ > Danh sách CTKTT.
- Tìm đến chứng từ đã ký, tại cột Hành động, nhấn chọn biểu tượng Hình bao thư.
- Hệ thống sẽ tự động hiển thị email đã khai báo trước đó (hoặc bạn có thể nhập thủ công địa chỉ email mới). Sau đó, nhấn Gửi email để hoàn tất. Phương thức này giúp việc xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN trở nên hiện đại và giảm thiểu rủi ro thất lạc so với chứng từ giấy.
Bước 7: Báo cáo tình hình sử dụng chứng từ
Định kỳ, doanh nghiệp phải thực hiện báo cáo tình hình sử dụng chứng từ khấu trừ thuế TNCN với Cơ quan thuế để minh bạch số lượng chứng từ đã sử dụng, xóa bỏ hoặc hủy bỏ trong kỳ.
Thời điểm lập và thời điểm xuất chứng từ khấu trừ thuế thu nhập cá nhân

Việc xác định đúng thời điểm lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tránh các vi phạm về chậm nộp hoặc sai lệch kỳ tính thuế.
Theo Điều 31 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (được sửa đổi tại khoản 17 Điều 1 Nghị định 70/2025/NĐ-CP), quy định cụ thể như sau:
Thời điểm lập: Là tại thời điểm khấu trừ thuế thu nhập cá nhân, thời điểm thu thuế, phí, lệ phí. Lúc này, tổ chức chi trả phải lập chứng từ khấu trừ thuế TNCN điện tử giao cho người có thu nhập bị khấu trừ.
Thời điểm ký số trên chứng từ
Đối với chứng từ điện tử, yếu tố kỹ thuật về thời gian ký số đóng vai trò xác thực tính pháp lý của văn bản:
- Định dạng hiển thị: Thời điểm ký số phải được hiển thị rõ ràng theo định dạng ngày, tháng, năm của năm dương lịch.
- Giá trị xác thực: Thời điểm tổ chức hoặc cá nhân sử dụng chữ ký số để ký trên chứng từ điện tử chính là căn cứ để xác định thời điểm phát hành chứng từ hợp lệ.
Thời điểm xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN: Được xác định ngay khi việc khấu trừ thuế phát sinh. Điều này giúp cá nhân có đủ hồ sơ chứng minh số thuế đã nộp trong kỳ tính thuế đó.
Hy vọng những hướng dẫn chi tiết trên đã giúp bạn nắm vững quy trình xuất chứng từ khấu trừ thuế TNCN một cách chính xác và nhanh chóng. Việc tuân thủ đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp chuyên nghiệp hóa quy trình vận hành mà còn bảo vệ quyền lợi chính đáng cho người lao động. Nếu còn bất kỳ thắc mắc nào về nghiệp vụ thuế, hãy liên hệ ngay với chúng tôi để được tư vấn và hỗ trợ kịp thời.


